В 1861 г. на просьбу французского миссионера Франкле разрешить ему проповедовать слово Божие инородцам Приморской области Корсаков ответил решительным запретом, не без основания подозревая, что католическая религиозная пропаганда, обладая большими денежными средствами и опытом работы с туземцами, может преследовать политические цели. ВIII Отделение поступил донос о сомнительной политической выгодности переселения чехов на Амур. Об этом же 24 декабря 1862 г. упоминал М. С. Корсаков, в письме В. П. Буткову. Опасным показалась и деятельность английских миссионеров, проповедовавших в Забайкалье с 1818 по 1861 г..
В сочетании имперских и национальных начал самодержавие не могло не учитывать высокой степени устойчивости старообрядцев и духоборов к ассимиляции в иноэтнической среде, сохранению ими русскости при отдаленности от русских культурных центров. Когда англичане во второй половине 1840-х годов пытались выяснить, насколько российское правительство «…может рассчитывать на преданность своих разнородных подданных в случае столкновения между Китаем и Россией», то они обратили внимание и на забайкальских старообрядцев. В ответ на эти происки Б. В. Струве, один из соратников Муравьева-Амурского, заметил: «Недоброжелатели России всегда рассчитывают на готовность старообрядцев восстать против правительства в случае каких-либо политических замешательств. И как они в этом ошибаются! Это только доказывает, как мало они знают дух раскола и суть его учения». Такую толерантность к старообрядцам на дальневосточных землях проявляла не только местная администрация, но и некоторые иерархи Русской православной церкви. Православный священник, архиепископ Иннокентий, придавал важное значение раскольникам, как наиболее дееспособному колонизационному элементу. Очевидно, принцип русскости на далекой окраине стоял выше стремления добиться церковного единства, отражая важные тенденции в формировании новых предпочтений в русской национальной идентичности.
Муравьев-Амурский был готов заселить край и другими колонистами, которые Петербургу могли казаться опасными. Так, в начале 1860 г. он по примеру Закавказского края просил разрешить селиться в городах Приамурского края раскольникам любого толка, кроме скопцов. Вместе с тем проявлялась настороженность к представителям протестантизма и вообще к деятельности иностранных конфессиональных миссий. Исключение готовы были сделать только для немецких колонистов. Муравьев ходатайствовал также о переселении меннонитов, надеясь, что они станут для края образцовыми фермерами.